Что такое альфа-канал и с чем его едят?

Альфа-канал - это канал прозрачности. В Gimp каждый слой может иметь или не иметь канал прозрачности (соответственно название слоя будет написано тонким или жирным шрифтом). Для хранения альфа-канала слоя вместе с изображением требуется дополнительная память - 8бит (256 значений прозрачности) для каждого пиксела. Поэтому если при создании нового слоя вы выберете цвет фона отличный от прозрачного, то в целях экономии памяти альфа-канал у этого слоя будет отключен. Конечно же, это не помешает вам включить его, как только он понадобиться. С каналом напрямую не работают; просто работая с изображением, например, удаляя его часть или делая полупрозрачной, тем самым меняют информацию о прозрачности т.е. сам альфа-канал.
Посмотреть и освоить назначение альфа-канала можно в уроках: Комбинирование изображений (фотомонтаж) , Лягушка в тарелке и подобных.